El origen de La Historia del municipio El Cuá es parte de la historia de lo que hoy se conoce como departamentos de Las Segovias (Matagalpa, Jinotega, Estelí Madriz y Nueva Segovia). Con relación a los antiguos pobladores del Departamento de Jinotega, existe toda una polémica. Para algunos historiadores los aborígenes de esta región fueron descendientes de  los llamados chontales y de los caribicis del atlántico de nuestro país; para otros, los aborígenes de la región fueron los choroteganos. Siendo reconocido el árbol departamental es el Nogal (Junglans olanchanum) y el ave departamental es el Rancho o Pájaro Campana (Procnias tricarumculata).

Durante la colonia los españoles fueron dando forma administrativa a las tierras conquistadas y de esa manera crearon corregimientos que eran grandes extensiones geográficas entre las cuales el de Matagalpa abarcaba todos los territorios de los actuales  departamentos de las Segovias, Boaco y Chontales, hasta que cada departamento se fue creando después de la independencia de Nicaragua.

El origen del nombre  Jinotega, según los estudiosos del tema [entre ellos el Dr. Alejandro Dávila Bolaños], se deriva de “xiocahuilt” que significa